La generación de conocimiento es uno de los pilares fundamentales del CISTA y se basa en el trabajo multidisciplinario. Las líneas de investigación del CISTA son la respuesta a los principales problemas de salud ocupacional y ambiental en el país y la región centroamericana. A continuación, se presenta una lista de las principales líneas de investigación:
- Exposición a plaguicidas y efectos a la salud (Luis Blanco, Edipcia Roque, Aurora Aragón, Teresa Rodríguez)
- Exposición a químicos en lugares de trabajo y salud (Luis Blanco, Edipcia Roque, Teresa Rodríguez)
- Estrés térmico y deshidratación (Luis Blanco, Marvin González, Aurora Aragón)
- Calidad del agua de consumo humano (Edpicia Roque, Luis Blanco)
- Enfermedad renal crónica (Aurora Aragón, Marvin González, Luis Blanco)
- Hipoacusia inducida por ruido (Marvin González, Aurora Aragón)
- Función pulmonar en trabajadores expuestos a particulados (Luis Blanco, Marvin González, Aurora Aragón)
- Lesiones osteo-musculares en los lugares de trabajo (Lylliam López)
- Riesgos psicosociales (Arlen Soto)
